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轉(zhuǎn)錄組

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項(xiàng)目介紹

通過轉(zhuǎn)錄組學(xué)的研究以揭示生物學(xué)現(xiàn)象或疾病發(fā)生的分子機(jī)制是高通量組學(xué)研究的一個常用策略。利用高通量測序技術(shù)在全面快速得到基因表達(dá)譜的同時,還可以通過測定的序列信息精確地分析轉(zhuǎn)錄本的SNP、可變剪接等序列及結(jié)構(gòu)變異。

技術(shù)特點(diǎn)

1.除了計算基因的表達(dá)水平,更可以檢測轉(zhuǎn)錄本的序列和構(gòu)變異。

2.測序深度的增加可以獲得更廣的動態(tài)檢測范圍,能夠同時鑒定和定量高豐度轉(zhuǎn)錄本和低豐度轉(zhuǎn)錄本,信號強(qiáng)度的跨度可達(dá)6個數(shù)量級。

3. 除了檢測已知轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)水平外,還能夠發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本。

4. 在應(yīng)用于尚無參考基因組的物種時,可以通過從頭組裝發(fā)現(xiàn)新基因。

實(shí)驗(yàn)流程

圖中深色為該實(shí)驗(yàn)流程

分析流程

標(biāo)準(zhǔn)分析

(1) 數(shù)據(jù)過濾及比對分析

(2) 轉(zhuǎn)錄本拼接

高級分析

(3) 差異表達(dá)基因篩選

(4) 差異表達(dá)基因聚類分析

(5) 使用GO/KEGG分析,推測突變基因富集在哪些代謝通路。


樣品要求

樣本要求

RNA濃度≥20ng/ul ,總量≥2ug    

細(xì)胞數(shù)≥5X106

項(xiàng)目案例

常見問題
1、真核轉(zhuǎn)錄組常規(guī)建庫流程

1)通過磁珠和mRNA的polyA結(jié)構(gòu)將mRNA分離出來;

2)mRNA片段化;

3)mRNA反轉(zhuǎn)錄為雙鏈結(jié)構(gòu),第二鏈cDNA合成時,其中的堿基T,被替換成U,從而達(dá)到鏈特異性文庫的目的;

4)5’末端修復(fù)、3’末端加A;

5)加接頭;

6)選擇特異長度回收,一般為300bp;

7)PCR;

8)上機(jī)測序。

2、原核轉(zhuǎn)錄組測序用到哪些試劑?

1)RNA提?。篢rizol Reagent;

2)核糖體RNA去除:IlluminaRibo-Zero? Magnetic Kit;

3)文庫構(gòu)建:IlluminaTruSeq Stranded mRNA LT Sample Prep Kit;

4)上機(jī)測序IlluminaNextSeq?500 High Output Kit v2。

3、什么是小RNA測序?

Small RNA測序,研究某一物種特定組織在特定狀態(tài)下的已知SmallRNA,也可發(fā)現(xiàn)新的或該物種的Small RNA并預(yù)測其靶基因,為研究Small RNA的功能及此物種的基因調(diào)控機(jī)制提供了有力工具。Small RNA主要包括微RNA(miRNA)、小干擾RNA(siRNA)、與piwi相互作用的RNA(piRNA)三類。

4、哪些物種可以研究lncRNA?

要做lncRNA分析,對物種有以下要求:

a. 物種為真核生物;

b. 物種具有參考基因組;

c. 具有較為完整的注釋。

5、為什么CircRNA測序的研究比較熱?

1)多角度闡述分子生物學(xué)問題的需要;

2)從新的角度發(fā)現(xiàn)導(dǎo)致樣本存在差異的需要;

3)尋找影響疾病發(fā)生的分子標(biāo)記;

4)探究circRNA的未知功能;

5)尋找導(dǎo)致microRNA表達(dá)發(fā)生變化的機(jī)理。

6、全轉(zhuǎn)錄組測序是怎么做的?

全轉(zhuǎn)錄組測序是將樣品分為兩份,構(gòu)建2個文庫,1個小RNA文庫(包含miRNA)和一個去除核糖體的鏈特異性文庫(包含mRNA,lncRNA,和circRNA),然后分別上機(jī)測序,最后主要獲得4類RNA——miRNA,lncRNA,mRNA,circRNA的序列信息。

轉(zhuǎn)錄組

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7天無理由免費(fèi)復(fù)測
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如果在訂單完成之后7天內(nèi)對結(jié)果存疑,可申請同條件免費(fèi)復(fù)測,更換條件或者參數(shù)不能參與免費(fèi)復(fù)測保障服務(wù),全程由專業(yè)團(tuán)隊操作,確保結(jié)果有效性;

2. 具體細(xì)則

每單限1次復(fù)測機(jī)會,單次需小于5個樣品; 此外免費(fèi)復(fù)測樣品必須為同一樣,私人定制、云視頻測試不可享受此服務(wù);

3. 注意事項(xiàng)

如果由于您自身樣品的情況(樣品有問題/選錯測試條件等)將不可享受此服務(wù);

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